之后，一个神秘的环保组织SKBE掳走了小新一家人，而为首的，竟然是双叶里的里长四膳守（山寺宏一 配音）。原来，四膳首是一位激进的环保主义着，妄图通过一种神秘的药物将破坏环境的人类全部都变成动物，而小新捡到的神秘液体就是还尚处于测试阶段的药物，四膳守准备将美伢和广志当做实验对象进行研究。在神秘女子维多利亚（后藤邑子 配音）的帮助下，小新一行人成功出逃，他们和春日部防卫队一起，决心破解四膳守的阴谋。
而白鲸则是同伴的守护使者，它违背了七千岁的规律已经活了几百万年之久...... 在银河边缘的 67 惑星域，有一颗小小的卓拉星。 每年固定的时间，“银河鲸鱼”就成群地向这里回游，成为这里一个着名的景观。 所谓“鲸鱼”并不是指那些海洋中的哺乳类，“银河鲸鱼”是一种类似大型真菌的植物体。 在它们的身体里充斥着大量的能量体，是上佳的宇宙船燃料。 也因此它们成为偷猎者竞相追逐的目标。 在卓拉星的鲸鱼回游季节里每年都会有大批的偷猎者赶来，为了利益，他们不惜与当地宇宙防卫队战斗。 他们驾驶着老旧的变形战机（多是 VF-1）冲向鲸群。 就在这样一个多事的季节里，手拿吉它的问题少年来到了卓拉，他就是“火焰乐队”的巴萨拉......
根据小松忠男的小说《跳蚤史志》改编，安倍宏饰演一名冒犯藩主并被流放的战士，饰演以“清除猫跳蚤”为名向女顾客出售“肉”的“功夫战士”小林。第一位嘉宾，小凤（Toshima Naruto饰演），看起来像他已故的妻子。
