这18名少女是由御神木“神树”钦点而来，身上穿着神树授予的“星衣”，因此获得了特殊的力量。 天真烂漫个性开朗的星月美纪（洲崎绫 配音）、温柔成熟，稳重体贴的成海遥香（雨宫天 配音）、大大咧咧活泼好动的天野望（东山央奈 配音）、贯彻着偶像人设的煌上花音（本渡枫 配音）、拥有魔鬼身材仿佛大人一般的芹泽莲华（南条爱乃 配音），这些女孩子们将夺回被污染的大地视为唯一的信仰。
在一个阳光明媚的日子里，柯南（高山南配音）、小兰（山崎和加奈配音）以及少年侦探队的朋友们在毛利小五郎（也由小山立配音）的陪同下前往大阪，参加当地举行的“高中生高岳杯”百人一和声比赛。
1988年7月，关东地区使用新型炸弹进行爆破，第三次世界大战即刻爆发。31年后，人类从一片废墟中重建都市，东京湾上建立了巨大城市——新东京。世界仿佛要恢复到以前的繁荣。
