Shin志千寻（藤原龙雄饰演）原本继承了剑心刽子手的身份，但被新政府背叛，幸免于难。千寻正在秘密地提出一个可怕的计划来统治日本。大久保去世后，Kenshin深感责任重大，无法推卸责任，于是踏上了自己的旅程。一路上，他不仅遇到了京都的女主角草奈良（拓谷泰丰饰演），还第一次遇到了新宿村和志志雄。与此同时，Sagara Sanosuke（青木贵族饰品）、Kamiya（武井佐久饰品）、Akihiko（赤木凯斗饰品）和Saito I（Educhi Yosuke饰品）也相继赶往京都。在乌云密布的时代，一场席卷全国的风暴正在酝酿。。。这部电影改编自Kazuki Hiroshi的经典漫画。
日本政府在各地建立经济特区，获得了一定的复兴。预先开发的“力量辅助”技术为复兴作出了巨大贡献。但是，特区以外的地区，贫困不断加剧，贫民区不断扩大。统治阶级自称为“Logos”，将“力量辅助”技术转而用于军事。他们将贫困阶级称为“Levinas(孤立者)”，排斥他们。 时光流逝，公元2035年。 脱离了为监视“Levinas”，镇压“Logos”内部的叛乱分子而组成的特殊部队“幻影”的主人公葛城丈与伙伴鹤泽，与神秘的少女登戸沙那巧遇。围绕着沙那，各种人的思虑纷繁缠绕，故事向前发展。他们3个人前进的方向上，究竟有什么......
这场意外的相遇给这对失散多年的情侣带来了一个小小的惊喜和幸福，在他们相处的这段时间里，富美对小明的感情也逐渐明朗起来。这对性格迥异的朋友，泪流满面、活泼好动的小明，最终能结婚吗？与此同时，在井上惠子（由Horie Yoichi配音）成熟外表的内心深处，她的姐姐坂本小二（由石松咪咪配音）的影子总是挥之不去。在这所女子学校里，女孩之间的情感就像春天的野花，逐渐覆盖着贫瘠的山脊。
