井井直也（由Enoki Junmi配音）是一名男性高中生，性格异常严肃，严肃到有点可笑的程度。从小学一年级开始，他就深深地爱上了青梅竹马的恋人佐佐木纱纪（由小仓雅子配音），并每月向她忏悔一次，但都以失败告终。
五年前，瘟疫在大冢村一夜之间蔓延开来。为了防止疾病的传播，周围的村庄用大火烧毁了整个大冢村。大冢村的三个孩子，Nobunaga Kuzuka、Gensuke Kukawa和Binlu幸存了下来。三人被教会收养，在其他村庄过着平静的生活。
一日，海人马琳（阿澄佳奈 配音）在海底捡到了一枚戒指，为了将它归还给失主，她和妹妹乌琳（堀江由衣 配音）来到陆地上，开始了一场大冒险。马琳顺利找到了戒指的主人宫守夏音（寿美菜子 配音），可是由于夏音的任性，戒指再度丢失。在寻找戒指的途中，马琳意外的打开了装载着邪恶力量的石棺，世界陷入了危机之中。与此同时，栖息在马琳和夏音体内的巫女力量也开始觉醒，作为“海之巫女”和“空之巫女”，女孩们能够战胜凶恶的幽灵吗？
