蜘蛛娘告诉瑞纪自己曾被一个阴阳师所救抚养长大，后又被封印在书中，而砚周就是那位阴阳师的转世。砚周很同情蜘蛛娘的遭遇，收留了她。但一名古籍师告诉砚周，蜘蛛娘是非常危险的生物，只要接近她就会在不知不觉中被迷惑从而丧生。 不听劝告的砚周决定将蜘蛛娘送回到她的母亲所在的地方，那是一幢阴森的古宅，里面有一只巨大的蜘蛛正匍匐在黑暗中等待着它的猎物。
与此同时，来自国外的红发学生明日香（宫村洋子配音）和玲博丽（林惠美配音）一分为二，以姐妹身份出现，给Ikari真嗣的学校生活带来了巨大的变化。此外，原作中高大帅气的原型也将以娇小可爱的形象作为学院的一部分出现在动画中。该动画以《新世界福音战士》中的人物为原型，取代了原作沉重严肃的氛围，描绘了轻松愉快的校园生活。制作团队首次采用3D Q版设计，搭配逼真的背景和2D拼接，创造出多样化的绘画风格。
