那里，是威胁和平的人类之敌“恶魔党”大施淫威，与之对抗的Gatchaman率领的“科学忍者队”不停战斗的世界。 但，在对于这个世界的样子感到违和感的他们面前，一个男人的身影出现了。那是科学忍者队的创设者南部博士。对本应相识的健露出诡异表情的南部，向英雄们说出了意想不到的话语。“看来你们似乎是我的敌人”……。 此外，还有一个一直在楼顶窥视他们的身影。那是曾和健一同并肩对抗恶魔党的，科学忍者队No.2。 其名为“神鹰乔”。 四大英雄的全新激斗，将在银幕上拉开帷幕！
美国内战结束十年后，内战英雄汤姆·克鲁斯由于无所事事，整天酗酒。一次偶然的机会，他遇到了来美国做生意的日本商人。内森令人印象深刻的成就给对手留下了深刻印象。此时，在明治维新时期，日本天皇打算训练一支现代作战部队，因此内森被邀请到日本。
