4个普通的年轻人过着得过且过的生活。某天，往学校的途中遇见了不良少年们找碴，被打得落花流水而计画復仇。就在復仇计画实行当天，不良少年们的学校居然因爆炸而陷入一片火海当中，而自己也被当成 爆炸事件嫌疑犯。 「逃」是他们唯一的路。
Saint非常喜欢植物。带着这份爱，Saint隐瞒了自己的身份，来到了药用植物研究所工作。在这里，他遇到了善良的导演约翰（江口拓配音）和导师裘德（第八代拓配音）。在他们的帮助下，Saint的工作逐渐步入正轨。受圣母在圣体中的力量影响，圣地生产的所有药剂都有50%的收益，这逐渐奠定了圣灵的声誉，并在当地获得了信任。
藤原拓海由于不败的战绩，必然会受到新的挑战。 《头文字D》的第二部着重突出拓海的成长，当然不乏激烈的挑战。最经典的要数赤诚和依吕波山路两位老大的比拼。
