谁知当一切都按部就班进行之时，意外突然发生。与此同时，距离大使馆不远的一座摩天大楼内，日本首相遭到密码箱炸弹的暗杀，素子之前的上司陆军501机关的机关长库露兹（浅野麻由美 饰）也在爆炸中丧生。经过缜密追查，素子等人发现一种能够篡改记忆的病毒正在网络蔓延，而她的身世居然和一连串的事件有着密切联系。危机当前，阴谋悄然复出水面…… 本片根据士郎正宗的同名原作改编，系《攻壳机动队》诞生25周年纪念作品。
麻衣所在的学校出现了谣传，说旧校舍被灵所诅咒。涉谷一也受到校长委托，来到学校调查。同时被叫来的，还有巫女松崎绫子、和尚滝川法生、驱魔者约翰·布朗和灵媒师原真砂子。一行人在展开调查之时，发生了种种事故，这究竟是何种力量在作祟？ 事件解决后，涉谷一也邀请麻衣加入他的涉谷心灵研究所（即SPR）打工。SPR接受各种委托，对各类灵异事件展开调查。麻衣和涉谷他们不仅仅用自身超能力解决问题，而且还会用现代科学解释。
一、 她本应该是一个高中女孩，却在不知不觉中来到了一个未知的地方，甚至变成了一个蜘蛛怪物！？虽然我成功地逃离了喜欢吃人的蜘蛛父母，但我不小心闯入了怪物的巢穴。
