三人回忆起小学时光,约定到曾经的游泳馆去。在废弃的游泳馆里,他们居然遇到了归国的松冈凛(宫野真守 配音)。意料之外的是,昔日战友凛性情大变,还对遥发起挑战,结果遥输给了他。 遥、真琴和渚决定成立游泳部,经过多番努力后,终于招募到了新成员龙崎怜(平川大辅 配音),他们以县大赛冠军为目标,进行紧张的集训。另一方面,凛所在的鲛柄学院游泳部也在为大赛作准备。他们约定,要在赛场上决一高下。充满激情和活力的游泳部,在这个夏天,开始了关于友情与青春的Free!故事。
他们见到了可以变身为假面骑士电王的幸太郎(樱田通 饰),为此大为惊讶。二人趁乱登上列车,然而列车长严厉禁止他们下车,以免扰乱历史走向。列车回到了1971年,假面骑士电王与异魔神展开输死决斗,而就在此时,Ankh偷偷留出车厢寻找硬币,最后被映司等人抓了回来。当他们重返自己所处的时代,发现整个世界已经天翻地覆,修卡前所未有壮大,几乎统治了全世界。 不肯认输的映司和Ankh与修卡展开战斗……