伫立于近未来大都市一角的忍者宅邸。 住在那里的忍者一族石动家的长女·律花，憧憬着身为研究人员的父亲。 她觉得平凡而幸福的生活会一直持续下去，但就在某一天，宅邸突然遭到某人的袭击。面对走投无路的危机，律花果敢地挺身而出，但——。
为了陪伴患有哮喘的弟弟星野歩（大桥步夕 配音）去乡间修养，星野一马（浅沼晋太郎 配音）毅然决然的放弃了学校的课程，来到了宁静祥和的山比古町。哪知道，刚刚到达没多久，就发生了让一马心跳加速的意外事件——自己和名叫中津川初（中村绘里子 配音）的陌生女孩子接吻了。虽然中津一副无所谓的样子，但从此，一马成为了她目光无法移开的焦点。 在小镇里，住着各式各样性格单纯而又善良的人们。容易害羞的神社女巫神本圆佳（清水爱 配音），目睹了意外之吻的傲娇娘日向伊吹（青叶林檎 配音），成熟稳重的大姐姐藤堂䌷（高桥智秋 配音）等，在这些可爱女孩子的环绕下，一马能否坚守最初的约定？
在新的故事中，神秘动物学的组织“皇帝组织”将勇敢面对这只巨型怪物，强大的哥斯拉也将与门兹拉、拉顿及其死敌基多拉三王展开激烈对抗。当这些传说中的超级生物再次崛起时，他们将进行皇室斗争，人类的命运岌岌可危
