适值此时，南太平洋海域传来发现宝藏的消息，哆啦A梦经不住大雄的软磨硬泡，同意展开这次寻宝大冒险。小伙伴们相继聚到一起，将目标锁定在加勒比海域一个名叫多摩斯的小岛上。他们的旅程原本充满乐趣，但是意外很快便发生。小伙伴们遭遇时空错乱，阴差阳错来到了17世纪。大雄被浪头冲走，下落不明。哆啦A梦等人被一艘海盗船救下，却弄丢了一次元空间袋。 海盗船船长吉德正准备前往金银岛寻找失踪的哥哥和侄子。哆啦A梦他们随船前往，殊不知更大的冒险即将到来……
本剧改编自镰仓和麻生太郎的轻小说《魔法禁书目录》中的人气角色木坂美久，并根据外部漫画《科学超级电磁炮》改编。故事发生在一个巨大的城市“校园城”，该城市覆盖了东京西部三分之一的地区，居住着230万人，其中80%的人口是学生。
