2029年3月某日，某国大使馆遭到一群经大规模义体改造的武装分子的入侵，众多外国使节及其同侪眷属沦为人质，事态十万火急。草薙素子（坂本真绫 配音）召集巴特（松田健一郎 配音）、陀古萨（新垣樽助 配音）等得力属下，并制定了周密的营救计划。
“暗杀课堂第二阶段课外讲座”将于3月11日起在dTV独家播出，该讲座与目前正在播出的电视动画版《暗杀课堂第II阶段》相关联。这一次，电视版没有包括动画，如《竹林中的一课》和《统治者的第二堂课》。
日本的某座城里发生连环抢劫案，但警方在犯罪现场却找不到任何蛛丝马迹。平凡生活着的水野为了帮助佐野博士进行人体实验而变成气体异形，后来水野为了家族衰落的爱人藤谷而多次犯下可怕的罪行…导致最后造成悲剧。
