主人公——少年三日月·奥古斯，从所属的民间警备公司克律塞安保公司（下称CGS）那里，接受了打算让在地球势力统治下的火星都市独立的少女库德莉亚·蓝那·伯恩斯坦的护卫任务。但，CGS受到摘取反叛之芽的武力组织加拉尔霍恩的袭击，于是在把三日月这些孩子当做诱饵后撤退了。少年们的领袖，奥尔加·伊兹卡认为这是个机会，并决定对虐待自己的大人们掀起反旗。被奥尔加托付击退加拉尔霍恩的三日月，利用被当做CGS动力炉来使用的“厄祭战”时代的机动战士——高达·巴巴托斯，向敌军发起挑战。
就在这时，这位愚蠢的统治者按下了核武器按钮，摧毁了世界，在随后的爆炸中，Tochi和Kenshiro被分开了。多年后，Tochi的健康状况持续恶化，他逐渐走到了生命的尽头。然而，他和饶之间仍然有一个未完成的协议，这正是他们兄弟无法逃脱的命运。。。本片根据哲夫将军和五轮尊的经典漫画《北斗神拳》改编，是《真救世主传奇北斗神拳传》的第四部。
由于感觉自己缺乏获胜的关键因素，“不幸的天才击球手”小岛宏与教练Kenozaki和投手Nakasone一起前往冲绳进行特殊训练。在那里，他们遇到了一个神秘的人，他声称自己从未输过赌博棒球——德川东亚。
