故事发生在琦玉老师头发还没有掉光的时候，这一天身穿蓝色运动服的他在追捕偷东西的箭毒蛙怪人，谁知期间不慎刮坏了自己的裤子。万般无奈，在打败箭毒蛙之后，他带着破损的衣服求助于相识的和服店老板。
3000万年前，黑暗使世界陷入恐惧。最后，光明巨人将黑暗封印在遥远的宇宙中。光之巨人也用尽全力，在这颗红色星球上陷入了永恒的睡眠。时光飞逝，当地球和平联盟TPU紧急组建精英团体“GUTS-SELECT”时，主人公振中健吾正以植物学家的身份在新探索的火星上平静地生活着。但有一天，古印的黑暗又突然袭来，打破了生活的宁静。当火星的街道被怪物摧毁时，剑武在命运的指引下遇到了沉睡的光之巨人。这次遭遇会对他和地球产生什么影响？穿越时空觉醒的光之巨人被命名为Trija Ultraman。
