《超级机器人大战·原创世纪》的背景是新西历，人类正式开始进出宇宙2世纪，但因为2次大型陨石的坠下，人们的生活还是维持在21世纪初。到了新西历179年，第3颗陨石“流星3(メテオ3)”坠落于南太平洋的マーケサズ群岛海面。
――女友達のままでいいんだ、本当の私を知って、嫌われたくないし―― 諦めようとしても、桐谷が「かわいい」「オレのことどう思ってる？」と思わせぶりなことばかりするから、やっぱりこの恋、止められなくて…！ ――そんな莉乃自身も、まだ誰も、気付いていない。 少しずつ、でも確実に莉乃の身体は手も足も、やがて全身が、まったく動かせなくなってしまうことに… この病いの名は、ALS（筋萎縮性側索硬化症）―― 「10万分の1」――ピュアラブの名手・宮坂香帆が挑む、残酷で幸福な運命の物語。
