1989年，日本。乔纳森·乔斯达和迪欧决战一百年后，迪欧复活了。与此同时，约瑟夫的孙子近条太郎发现他有替身的能力，而迪欧的复活影响了对替身没有抵抗力的母亲，并陷入了危急状态；为了救他垂死的母亲，成太郎和约瑟夫出发前往DIO所在地——埃及。
整个故事围绕着莉莉安女子学校的传统展开。作为一名大一新生，主人公福泽由纪遇到了二年级的小笠原优子，在经历了无数障碍后，两人成为了恋爱中的“姐妹”。故事围绕着学生会“山百合社”的朋友和同学展开。
谁知道呢，就在马刚弄清真相的时候，警察医院里的成人和儿童SPEC持有者被残忍地屠杀了。愤怒的丹玛无法抑制体内密封的SPEC，她勃然大怒，然后出现在帝国委员会。在Judas、Shigeru（井上春树饰演）和Rune（大岛裕子饰演）的见证下，Fatima的第三个预言实现了。恐怖而耀眼的蘑菇云在上空升起，成千上万的八英尺高的乌云覆盖着天空和太阳，为这个被欲望支配和毒害的世界迎来了毁灭的时刻。在命运的交汇点上，马和汾柳能阻止世界的毁灭吗？
