某日，在同MU激烈交火之时，一位名为神名绫人（下野紘 配音）的平凡少年意外的来到了位于东京湾的地下神殿之中，在这里，绫人见到了巨型机器人“Rahxephon”，并且成为了它的驾驶者。 在神秘女子的紫东遥（久川绫 配音）的带领下，绫人来到了防护壁之外，加入了TERRA，并且在那里遇见了名为如月久远（桑岛法子 配音）的女子。MU组织对TERRA发起了进攻，当TERRA的存亡陷入危机之中时，绫人再一次驾驶着Rahxephon，成为了这个组织的救世主。
出于某种原因，这两个看似毫无关联的“返校节”成为了朋友。每天下午放学后，他们约好坐在河边。在去内海上辅导班之前的那段时间里，他们两人聊得很投机。他们的话题包罗万象，但也很无聊和空洞。当妖精般的女孩木村一期（中村未加修饰）出现时，不经意间在这个木头大男孩的心中激起了波澜。。。这部电影改编自吉本聪的同名漫画。
