庞大的统一组织“ACCA”存在于一个被划分为13个自治区的王国中。由于过去的政变危机而成立的ACCA一百年来一直在持续维护人民的和平。ACCA总部监督部副主任吉恩·奥塔斯是该组织中最难对付的人,因此获得了“吸烟者吉恩”的绰号。
电影围绕转校生有马隼人和一心爱慕他的筱原司之间的青春爱情故事。
剧情紧接外传 Battlefield of Pacifist(和平主义者的战场),地球与殖民地的战斗于殖民后196年结束。除五飞外,希洛等四位高达驾驶员决心把高达送往太阳丢弃,然而统一的地球圈再次被人类的欲望所吞噬,战乱再一次燃起。