岛津丰久，一名活跃于战国时代后期的年轻豪杰。在一场撤退战中，为了掩护友军平安脱困而身受重伤。不料眼一眨，却赫见一名不明人物出现在眼前，并打开一扇门引他进入另一个由许多不同时空交错而成的奇幻世界。
无法在这个世界使用炼金术的爱德华，与长相酷似弟弟的青年爱尔凡斯一起研究火箭的科技，希望借助火箭回到原来的世界。另一边的炼金术世界，弟弟阿尔冯斯修行炼金术，打扮宛若曾经的爱德华，与国家炼金术士们一起寻找找回哥哥的方法。 而暗地中，慕尼黑的一个神秘组织开始了寻找理想国“香巴拉”的仪式，连接炼金术世界与现实世界的“门”被打开了。 兄弟二人的命运与两个世界的危机交织在一起，爱力克兄弟要面对前所未有的挑战。
