在火星发现的神秘箱子――“潘多拉魔盒”打开的瞬间,巨大的墙壁突然出现!故事由此开始。被称为“天空之墙”的墙壁把日本列岛分割为三部分,并由此诞生了各自的首都「东都」「西都」「北都」。故事发生在一所名为第三届东京西弘NERV的学校,校长是严肃沉默寡言的德川一原(Tomohiki配音)。作为校长的儿子,日娜·真嗣(由绪方惠美配音)感受到了很大的压力。