尽管依靠腰带的力量，他变身为假面骑士牙，但是对于自己为何能变身，为何不得不战斗，现在还尚未可知。然而，实际上，与Fungaia战斗的并非只有渡一个人。22年前，渡的父亲——音也已经从那时开始与猖獗的Fungaia战斗。 故事一边将渡所在的现在、以及22年前——年轻的音也结婚并生下名为渡的孩子之前——紧密地联系起来，一边发展。 22年前，音也未能铲除的Fungaia不断繁衍，并出现在现代的日本。渡化身为假面骑士牙，将其打倒，并以此形态将过去与现在相连。 然而，存在的并不仅仅只是双眼所能看到的形态。在各个时代生存着的人们的命运，将会与怎样的形态相连呢？为什么Fungaia的出现，会威胁到人类的存在呢？身在其中的渡和音也所背负的命运又是…？ 各种各样的人物，生活在各种各样的时代，故事正在发展。知道这2个时代的人，只有2个…那就是将Fungaia Hunter组织化的岛，以及22年前开始经营咖啡店「Coffee Mall Damour」的木户师傅。沉浮于2个时代的人们，掌握着他们命运关键的，是这2个人，还有父亲所留下的小提琴…！？
路飞（田中真子配音）和他的草帽海盗团队在新世界开始了一场新的冒险，这次他们来到了世界上最大的娱乐城市古兰·特佐罗。它也是一个独立的国家，也是一个得到政府承认的非武装地区。这是一片“绝对圣地”，世界政府无法轻易触碰。
在一个每个角落都被探索过的世界里，唯一剩下的秘密领域是大洞穴“阿比斯”。我不知道它会在哪里继续。巨大的垂直洞穴，深而无底，栖息着奇妙而奇怪的生物，睡在今天人类无法创造的珍贵遗迹中。“阿比斯”令人难以置信的姿态吸引了人们，驱使他们开始冒险。
