12年前，发生在林加德王国的事件，留下了一个巨大的谜团，正在从人们的记忆中被遗忘。随着时间的推移，主人公薇和莉娜的两个姐妹在阿纳斯蒂亚王国过着稳定的日常生活。一天，一架巨大的飞机袭击了阿纳斯塔西娅。以这一天为分界线，女孩们的命运被卷入了漩涡。
在都内的某所高中，某天转入了两位转学生。她们是认真而天然、无法判断其言行的洲崎绫，以及展露天真烂漫的笑容、发呆吐槽皆有所长的西明日香。时而困惑时而爆笑，明日香和绫今天也度过快乐的一天。
2015年12月30日，宇宙探索船Luxion船长，高屋法子的父亲在宇宙中过世。少女高屋法子立志成为像爸爸一样的宇宙驾驶员，并为之奋斗。 6年后，高屋法子成为了中学生。学校开设了机器人驾驶的课程。
