2013年，一名来台湾学习旅行的女高中生肖兴喜被一种名为“进化入侵者”的突然怪物袭击。当军队完全无用时，神秘人作为超国家机构“DOGOO”的代理人出现在他们面前，继承了“伟大的灵魂”，并利用这一权力与“E基因持有者”作战。
在一个被彻底探索过的世界里，被称为“深渊”的大洞穴是仅存的秘密领域。这个巨大的垂直洞穴，无底洞，延伸到未知的地方，不仅栖息着各种奇怪的生物，还睡着今天人类无法制造的珍贵遗迹。“深渊”充满了令人难以置信的神秘特征，吸引着人们一个接一个地冒险。
POLYPHONICA大陆的科学水平是地球的现代～近未来的水准，与地球现代科学产物同样的东西也基本存在以外，所谓的未来城市也一样存在。与之平行的是，借助演奏“神曲”的精灵力量这样的技术体系也同时发展着。似乎在这个世界隐藏着极大的秘密，精灵和人类不知不觉就面临着真相揭晓的那个时候……
