“不是自己的事就不算梦想！”被绵谷一语点醒的千早决定将 理想转移到绵谷教会她的“小仓百人一首竞技花牌”上，一个全新的，为了自己的理想而不断奋斗的千早新鲜出炉了！ 作为青梅竹马，完美少年真岛太一（宫野真守 配音）一直暗恋着千早，可不知如何表达感情的他却总是忍不住的要欺负心爱着的千早。眼看着千早和绵谷因为花牌越走越近，太一决定加入他们的“花牌社”，同时也开始了千早的争夺战。时光飞逝，三人早已因为花牌而结下了深厚的友谊，毕业在即，三人约定，只要花牌存在一天，他们就终会再见面。
由于社会上发生了一系列奇怪的事件，如成员自杀、短片中出现恐怖面孔，以及在即将到来的聚会上收到恐吓信，许多成员感到后悔。然而，其他人的麻烦是侦探们的乐趣，明智而持久的参与联合停留的尝试无法说服总统。当陷入困境时，神秘的美女侦探Kenazaki Biluko（滨比美博饰演）似乎挣脱了束缚，提出“不要问她的目的”和“她一起参与”作为条件，让智慧和叶村融入其中。
美绪介绍下，他们认识以画富士山闻名的画师如月峰水、市议员大木岩松、双塔的设计者风间英彦（森谷帝二的弟子，第一弹《引爆摩天楼》中，森谷曾向新一挑战）、天才程序员原。期间灰原的举动异常。 大木提前入住B塔被害，目暮警官着手调查发现他与美绪似有不同寻常关系，不久原亦被杀害于家中。因为现场都留有与日本画画师作画时所用的乳钵相似的小酒杯碎片，两起案件似系一人所为。柯南由小酒杯联想到灰原曾效力的、以酒名为绰号的黑暗组织，并注意到第二起案件中碎片上未沾染血迹。与此同时他找到灰原举动异常的原因，却发现她正被人追踪。而园子玩笑弄的发式令她像极了雪莉（灰原）。 开幕酒会上，美绪向宾客展示如月最为宝贵的富士山画作时被杀，死相正如横亘在富士山正中的双塔的缩影图，她的身下也有一个小酒杯，不过却是完好的。地上一颗原本该呆在美绪脖子上的珍珠令柯南将目光转向如月。紧接，A楼美绪公司电脑档案所在的楼层及地下配电室发生爆炸。逃亡时刻，柯南注意到正有一支枪瞄准园子，心中给出了所有疑问的答案，但他及小兰等人最迫切需要解决的却是如何从火海逃脱。
