作品以只能依靠维生仪器活着的少女「各务桂菜」为主角，在现实世界失去自由的她，只能在VRMMORPG「里亚德录」中四处探险。在因为仪器停止运作的意外中失去生命，没想到却转生到200年后的「里亚德录」之中。
一天，一艘名为“I401”的潜艇出现在她面前。就这样，这群人成了潜艇的驾驶员。4月1日，一群同志聚集在潜艇里，怀抱着拯救人类的伟大理想，包括黑暗无忧无虑的吉原义弘（宫泽义弘配音）、温柔机智的八一静香（富山直也配音）、戴着面具的神秘编织和尚（松本鸣人配音）和活泼可爱敏捷的伊豆（津田美波配音），为了夺回本应属于人类的领土，与敌人展开了一场激烈的战斗。
怪奇现象调查组织SSP成员某天收到了来自艾克斯奥特曼的变身器艾克斯终端。有雨落入了敌人的陷阱，特殊防卫队Xio的队员大空大地（高桥健介 饰）被迫与艾克斯奥特曼解除了一体化的联系。
