地处沙漠腹地的城市迪赛鲁西坦到了，曾经，在这里发生过一场声势浩大的神奇宝贝战争，亦是因为这场战争，这里才成为了干涸少水的沙漠。在这里，麦亚丽和哥哥巴尔扎（藤原龙也 配音）汇合了，让大家没有想到的是，巴尔扎竟然得到了封印着可怕神奇怪手的瓶子。在误打误撞之中，封印被解开了，那个曾经终结过迪赛鲁西坦的可怕怪兽重见天日，而它的真实身份，竟然是超胡巴（山寺宏一 配音）。
一枝看起来像一棵春天盛开的樱花树，总觉得有些东西发生了变化。远远望着缓缓飘落的樱花，少年想起了即将到来的春天，生活在一个樱花不会枯萎的平凡世界里，有能力改变点心，在天空中看到别人的梦想，这既不平凡也不非凡。在雪花和樱花纷纷飘落的冬季大学里，当他遇到他们时，一个快乐而温暖的故事即将开始，一个小魔术师用他最后的魔法恳求帮助。
失去阿尔梅多尼亚首都贝恩的王储朱利叶斯为了恢复自己的权利，向《人类宣言》的发起者大凯撒帝国寻求帮助。大凯撒帝国玛丽亚女王的妹妹琼·尤弗里亚代表帝国协助阿米多尼亚进行谈判。不仅仅是阿尔弗雷登和阿米多尼亚，事情的发展方向即将影响整个大陆的命运。
