1年9班消失不见，朝比奈学姐视其形同路人，甚至早已死去的朝仓也代替凉宫春日坐在了阿虚的后面，而春日则如同人间蒸发一般无人知晓。当他冲向SOS团的教室时，只看到了孤零零坐在角落里看书的长门有希，一向淡定自若、冷如冰霜的长门大神也变成了怯懦害羞的乖乖女。从前一日长门留下的蛛丝马迹中，阿虚判断出这个世界似乎被某人重组了一番。 此时的阿虚，握有连接两个绝然不同世界的钥匙，他面临着重大的选择……
不久的将来，美国总统布什第四次连任。他解散了国会，并将战争蔓延到世界各地。为了持续提供能源，政府开发了一种可以将人变成僵尸士兵的病毒。出乎意料的是，病毒传播了。军方派出了一支精英队伍平息了这起事件。一名队员被咬后逃跑。。。
