2013年，一名来台湾学习旅行的女高中生肖兴喜被一种名为“进化入侵者”的突然怪物袭击。当军队完全无用时，神秘人作为超国家机构“DOGOO”的代理人出现在他们面前，继承了“伟大的灵魂”，并利用这一权力与“E基因持有者”作战。
牡丹有一个好朋友叫小任（侯腾麻衣配音），两人关系十分亲密。小任的性格与牡丹完全相反，是一个厚而自然的傻子。就是这样，他们两个就阴差阳错地获得了入学资格。在学校里，他们遇到了一个陌生的女孩，名叫小翁（石破蓝裕美配音）。小翁头上戴着一枚神秘的天使戒指，小翁制作的被称为“天使蛋”的甜点彻底改变了两个女孩的命运。
有一天，由于一种名为“野兽”的生物的入侵，人类平静的生活结束了。当最后一个人类威廉（由新井良宏配音）从沉睡中醒来时，他发现500年过去了，威廉承载着人类延续的最后希望。在这个世界上，只有知道如何使用圣剑的怪物才能与野兽竞争。
