市建龙园高级中学又迎来了一个和平祥和的日子。一位名叫Lumu Yuan（由Yumu Bi配音）的大二女生和她的朋友Sayega美树（由Hidamura秀吉配音）和仁美智珠（由Shinagai Ryoko配音）讨论浪漫话题，享受年轻女孩的快乐青春。就在这时，一个叫小美彦（斋藤千和配音）的新生来到了班上，这个带着一丝神秘气质的女孩让小圆相当困惑。在和Sayega一起放学回家的路上，小圆听到了一个浑身伤痕累累的未知生物的呼救声，而正是严小美在追赶它。在关键时刻，他们得到了魔法女孩巴玛米（水桥翔之配音）的帮助，巴玛米也是神奈原高中的学生，并了解到这个名叫丘比的生物有能力帮助人们成为神奇的女孩。女孩们无意中打开了通往另一个世界的大门。。。这部电影是《魔法女孩》的剧场版，分三部分上映，由电视版12集改编而成。
故事发生在大陆历一六零四年，持续了三个世纪的漫长战争终于画上了终点，整片菲尔毕斯特大陆哀鸿遍野，满目疮痍。托鲁（间岛淳司 配音）和阿卡丽（原优子 配音）虽然没有血缘关系，却结为了义兄妹，两人相互扶持经历了残酷的战争，彼此之间结下了深深的羁绊。
