人类企图修改植物的遗传因子，以此达到控制植物的目的，而计划失败，树木则渐渐产生了思想，开始了无节制的生长，使得地球遭到了毁灭性的破坏。时间荏苒，在遭到树木袭击后，残留下的人类为求生存选择了和森林和平相处。
第三季动画2012年秋季放送决定！
这一天，一个女孩拿着一把太刀剪刀出现在本能性格学校的门口。她的名字叫诺六子（小泉雅美配音），她来到这个危险的地方是为了调查杀害她父亲的真凶。没想到，在她抵达后不久，就遭到了德川家康（德川稻田配音）、杉山漩涡（Keiyama Xiu配音）等学生会四大天王的阻挠。关键时刻，菊六子竟然收到了父亲亲手制作的黑色神衣，战斗力大增。本能性格学院展开了一系列激烈的战斗
