对于只搜查异常犯罪的明智感兴趣的小林,不顾朋友羽柴的反对,自愿成为其“助手”。在接连发生的奇怪事件当中,小林很快和明智展开了调查。小智(松本梨花 配音)带着皮卡丘(大谷育江 配音),和同伴们继续前行在冒险的旅途之中。路上,一行人遇见了带着神奇宝贝胡巴(钉宫理惠 配音)的少女麦亚丽(中川翔子 配音)。胡巴能够制造出神奇的时空圆环,带领大家在不同的地点来回穿梭。