花铃唯一的好朋友是她的宠物猫小西，然而有一天，小西也离她而去。 一次偶然中，花铃发现了母亲留下来的一枚戒指，这枚戒指拥有神奇的法力，能够让花铃变身成为魔法少女。之后，花铃又遇见了九条姬香（下屋则子 配音）和九条和音（泽城美雪 配音），他们也拥有着各自的戒指。
在危急的情况下，特勤局NERV的葛成美救出了真嗣，并在西本的指挥下将他带到了NERV的总部。但迎接真嗣的是他父亲的冷酷命令：驾驶一个名为“EVA”的巨大人形机器人与使徒作战。Shinji已经表示拒绝，在看到严重受伤的替补司机Ayumi后，他决定遵守父亲的命令。就这样，从未接受过作战训练的真嗣准备驾驶长荣第一架飞机对抗使徒。不断攻击的使徒、身份不明的Ayanami、来自德国的司机Soeru Mingrika Langley和14岁的男孩面临着远远超出他们自身能力的挑战。秀吉平静地观察着一切，一个名为“人类完成计划”的神秘计划正在按照他的计划实施。
一次偶然的机会，鬼冢遇到了一只猫。这只猫憨态可掬的举止打动了鬼墓的心，但考虑到不久前他强烈拒绝了女儿养猫的要求，他不得不放弃带猫回家的想法。无奈之下，鬼墓只能把猫关在员工宿舍里。在这个小小的世界里发生了一个温暖的故事，这成为了鬼墓和猫共同的秘密。桂祖卡的同事和家人发现，这个曾经的“机器人”已经逐渐变得温和起来。
