主人公——少年三日月·奥古斯，从所属的民间警备公司克律塞安保公司（下称CGS）那里，接受了打算让在地球势力统治下的火星都市独立的少女库德莉亚·蓝那·伯恩斯坦的护卫任务。但，CGS受到摘取反叛之芽的武力组织加拉尔霍恩的袭击，于是在把三日月这些孩子当做诱饵后撤退了。少年们的领袖，奥尔加·伊兹卡认为这是个机会，并决定对虐待自己的大人们掀起反旗。被奥尔加托付击退加拉尔霍恩的三日月，利用被当做CGS动力炉来使用的“厄祭战”时代的机动战士——高达·巴巴托斯，向敌军发起挑战。
这个世界上有一个秘密组织，它选择将这个世界上无法被法律制裁的邪恶作为恶性肿瘤“清除”，并将其埋在黑暗中，名为“黑标签”。17岁的高中生三申兰作为该组织的一员，在巨大的犯罪面前挺身而出。
