《机动战士高达 THE ORIGIN》系列的第6作。继续讲述了因父亡故而变成孤儿的卡斯巴尔与阿尔黛西亚，在动荡大时代的洪流之中，面临的又一场人生巨变……标题中的“赤色彗星”便是夏亚·阿兹纳布尔的称号。
Kobe受警察厅副厅长Toyoki Kazumi（伊萨卡·宏饰演）指派，命令杉田和他的搭档Kazumy（奈良美子饰演）以调查谋杀案的名义前往凤凰岛，秘密调查生化武器的证据。特命二人组在民兵组织领导人真嗣（石原刚治饰演）的指导下抵达事故现场，而杉田则注意到事故背后似乎有一些人为因素。当他和随后到来的伊丹（川原和黑石饰演）逐渐接近真相时，这位诡计多端的政治家突然命令自卫队对他们采取行动
並由地球統合軍將其改造成為全長1200公尺的超大型主力戰艦，命名為「馬克羅斯」（MACROSS，德文「大宇宙」之意）。其間人類卻也歷經統合派與反統合派國家陣營的分裂，在綿延的爭戰中馬克羅斯的改修則仍然持續著。直到10年後，在馬克羅斯舉行正式起用下水典禮的當天，在月球軌道附近突然發現有大規模的時空跳躍反應。而此時馬客羅斯艦上的主炮竟自動發射，並擊中在月球出現的外星艦隊觀測艦！事已至如此頓時成了趕鴨子上架，不把對方惹毛才是怪事……於是統合軍只好展開接戰，並讓馬克羅斯升空啟航，以轉移敵方注意。青年一條輝陰錯陽差的坐上了統合軍的戰機捲入戰鬥，並救起了一位名叫林明美的少女，且與艦上女軍官早賴未沙的不吵不相識……被稱為「第一次宇宙大戰」的這場人類對異星人的戰爭就此揭開了序幕。而圍繞在輝、明美與未沙之間的感情糾葛，卻也開始介入了戰事的發展之中，甚而成為主導後來歷史走向的契機……
