2008年に放送されたSFアニメ「マクロスF」の劇場版2部作の後編。2009年にロングランヒットを記録した前編「劇場版マクロスF イツワリノウタヒメ」に続き、新天地を目指して宇宙を旅する移民船団「マクロス・フロンティア」を舞台に、ナゾの生命体バジュラとの戦いに身を投じる少年アルトと歌姫シェリル、シェリルにあこがれる少女ランカが織りなすドラマを描く。前編と同じ、テレビ版の総監督を手がけた河森正治が監督を務める。
十多年前,一只名叫“九尾妖狐”的强大怪物袭击了Kiba Ninja村。当时,第四代火影不惜一切代价,将“九尾妖狐”封印在刚出生的火影忍者身上。木叶村终于恢复了平静,但村民们把鸣人视为“九尾妖狐”一样的怪物,每个人都与他保持距离。