京都艺妓阿部丁（松田希达子饰演）从柳成为一个富裕家庭的仆人后，被他的男主人石田佳藏（藤田也饰演）收留。帅气、浪漫、潇洒的举止也让阿部丁坠入爱河，两人短暂陷入性快感，无法自拔。
将人类改造成异形士兵的这个技术，以人类的模样为代价，以获得与神媲美的力量。这个力量结束了长期的战乱，从此进入了和平年代。 “拟神兵”，这就是被誉为“神”的救国英雄。 时光流逝，战争已成为历史的现在，那些变成了“拟神兵”的人，因为那股庞大的力量，被人们称为“野兽”，为人们所惧怕蔑视着。 原拟神兵部队队长·汉克，化身为杀死堕落成“野兽”的“拟神兵”战友们的“猎兽者”在不断旅行着。为了寻找杀害了身为拟神兵的自己父亲的仇人的少女夏尔与汉克相遇，为了找到父亲死亡的真相，决定与他一起旅行。而后所得知的，战争不得不持续的真正理由。以及汉克正在寻找的“释放野兽的男子”这一存在。 将杀害伙伴的罪名背负于自身的“汉克”，他在不断持续的旅行中所抵达的终点到底是？
美绪介绍下，他们认识以画富士山闻名的画师如月峰水、市议员大木岩松、双塔的设计者风间英彦（森谷帝二的弟子，第一弹《引爆摩天楼》中，森谷曾向新一挑战）、天才程序员原。期间灰原的举动异常。 大木提前入住B塔被害，目暮警官着手调查发现他与美绪似有不同寻常关系，不久原亦被杀害于家中。因为现场都留有与日本画画师作画时所用的乳钵相似的小酒杯碎片，两起案件似系一人所为。柯南由小酒杯联想到灰原曾效力的、以酒名为绰号的黑暗组织，并注意到第二起案件中碎片上未沾染血迹。与此同时他找到灰原举动异常的原因，却发现她正被人追踪。而园子玩笑弄的发式令她像极了雪莉（灰原）。 开幕酒会上，美绪向宾客展示如月最为宝贵的富士山画作时被杀，死相正如横亘在富士山正中的双塔的缩影图，她的身下也有一个小酒杯，不过却是完好的。地上一颗原本该呆在美绪脖子上的珍珠令柯南将目光转向如月。紧接，A楼美绪公司电脑档案所在的楼层及地下配电室发生爆炸。逃亡时刻，柯南注意到正有一支枪瞄准园子，心中给出了所有疑问的答案，但他及小兰等人最迫切需要解决的却是如何从火海逃脱。
