而长距离亚空间航行所引发的时空歪曲，导致人类回到的地方变成了“两万年后的地球”。在这个地球，主人公·晴男等人在遭受哥斯拉袭击的同时，与埃克西弗、比尔沙尔德两种族的异星人共同实行谋划了20年的“对哥斯拉战术”，通过殊死战斗成功击倒了哥斯拉。 但喜悦并未持续多久，深藏地下的真正哥斯拉“哥斯拉·地球”现身了。两万年间持续成长生存、身高300米、质量超过10万吨，在进化成这种姿态的超巨大哥斯拉压倒性的破坏力面前，晴男等人落花流水。 拯救了晴男的是被视为人类的残存者“弗图亚”之民，米亚娜。弗图亚是他们在这个地球首次遇到的人型生命种族。他们会是人类的子孙吗——。“弗图亚的神也被哥斯拉击破，如今只剩下卵。挑战者、抗争者，全部被火焰吞噬而消失了”面对这样的他们，晴男回应道“这是以人类的双手夺回地球的最后机会了”。 另一方面，比尔沙尔德的指挥官·加尔格，注意到弗图亚使用的箭头是由“自律思考金属体·纳米金属”所制造而欢喜。这和21世纪他们在富士山麓作为“对哥斯拉决战兵器”所开发、在启动前遭到破坏的“机械哥斯拉”由同种物质所构成。这正是当时的开发设备至今仍然残存的证明——。
「……我没有名字。一片空无。你叫什么名字？」「我的名字是时崎狂三。」 失忆少女「空无」在所谓邻界之地清醒，邂逅了时崎狂三。 她跟着狂三来到一所学校，里面聚集了一群被称为准精灵的少女。
一次偶然的机会，格斯遇到了格里菲斯（由樱井隆弘配音）领导的老鹰队，格里菲斯热情地邀请格斯加入他们的团队。英勇善战的千人龙卡西亚（星城桃姬配音），性情温和足智多谋，年轻但备受器重的里克特（寿美菜子配音），魁梧但诚实的比宾。在鹰集团，Gus遇到了这些志同道合的伙伴，并彼此建立了深厚的友谊。谁知道呢，就在鹰集团逐渐获得国王的尊重之际，格里菲斯为了获得超人的力量，将所有成员都牺牲给了魔鬼。
