自从《媒体良化法》推行以来，近未来的日本围绕风纪约束和言论自由展开了激烈的拉锯战。媒体良化队针对有害书籍的查禁和销毁不遗余力，与之相对，图书馆自卫组织图书队则拼尽全力保护着人们获取知识和娱乐的自由，为此不惜与良化队兵戎相见，牺牲生命。
一晃眼15年过去了，西恩从一个嗷嗷待哺的婴儿成长为了有为青年，名师出高徒，在师父严厉的教导之下，西恩已经拥有了非常强大的力量。当西恩决定进入亚尔斯海特高等魔法学院继续深造之时，梅林才发现，这么多年来，他一直只教西恩魔法，竟然忘记了规训他的常识，这也就意味着，西恩即将在对常识一窍不通的情况下进入学校和同龄人们开始集体生活。
之后，小五郎被捕。柯南发现安室多出现在爆炸现场并受伤。为了回报毛利叔叔的清白，柯南、阿里博士和少年侦探队的年轻同伴们组队调查现场并收集证据。随着调查的深入，柯南发现这起爆炸案隐藏了包括恐怖分子和公共安全在内的多方之间的复杂关系，真相更让所有人震惊。。。这部电影是“名侦探柯南系列”的第22部动画剧场版，总票房收入超过90亿日元。
