「……我没有名字。一片空无。你叫什么名字？」「我的名字是时崎狂三。」 失忆少女「空无」在所谓邻界之地清醒，邂逅了时崎狂三。 她跟着狂三来到一所学校，里面聚集了一群被称为准精灵的少女。
在这个城市的经济特区“乌克市”，有一家以航空航天业闻名的超一流企业“乌克公司”。这家公司在各个领域扩大了市场，还经营着一所名为“雾科技园”的私立学校。光是这一点就已经很特别了，但校园里还有更耀眼的班级。白天，我作为一名学生在学校公园里努力工作，放学后，我作为公司的一名员工参与了一个名为“开发试点火箭开发”的重要项目。那就是五科公司先进技术发展部教育发展办公室，俗称“A-TEC”。年轻的天才工程师Seta Haidou曾担任该系主任，也曾在学校担任a-TEC学生的老师，被亲切地称为“热血火箭老师”。故事从将学生转到A-TEC开始。A-TEC迎来了一位新的合作伙伴，但在前往火星的途中发生了一起学生被绑架的事件。唯一能克服困难的人是他们自己。有了这样的判断，海斗和A-TEC的成员一起发起了前所未有的救援行动--
容姿端丽、最强无敌学生会长黑神目泷为你解决问题！ 一年十三组的黑神目泷入选成为箱庭学园第98代学生会长，她在选举战中根据公约设立“意见箱”。 “你们的梦想是你们自己的所有物，自己挑战就要自己实现，但是，你们的烦恼是我的所有物，一点不剩全部交给我吧！！！” 于是，黑神和她的青梅竹马“人吉善吉”开始共同解决学生们投递的案件。意见箱人送外号“黑神箱”，获得学生们一致好评，但是……
