在日本广岛县尾道市海边唯一的一家电影院迎来了闭馆，在风雨交加的闭馆夜，通宵上映着日本战争电影特辑，有三位来看电影的青年被突然袭击影院的闪电所包围，时空穿越进入了电影里的世界。
在不久的将来，东京将成立两个主要组织来夺取“最强武器”：旨在开发最强武器的制导重工业和操纵遗传因素创造优秀人类的NSWF。他们的共同目标是获得终极武器“WITCHBLADE”，该武器拥有最强的力量，只能由选定的女性操纵。地震发生六年后。。。
故事发生在大阪的舞户学园，小泉理沙（冈村明美 配音）是一个身高170的“女巨人”，经常因为身高而被嘲笑的她在潜移默化之中担负起了搞笑的重任。无巧不成书，和理沙相对应的，同校的大谷敦士（永田彬 配音）是一个个头只有156的“矮冬瓜”，这一高一矮的两人不是冤家不聚头，在一 唱一和中，居然称为了校园之中的著名搞笑组合。 其实理沙和大谷之间的感情并不坏，两人甚至还有着共同的爱好——均是“海坊主”的粉丝。在出双入对的同时，他们的距离也越来越近，在好友石原信子（东纱织 配音）和中尾平吉（津田健次郎 配音）的撮合下，终成眷属，一段校园爱情佳话成为传奇。
