因此一部分年轻军官聚集起来，提出“尊皇讨贼”的口号，意图推翻内阁，成立天皇直接领导的军人政府。 昭和11年（1936），以安藤辉三（三浦友和 饰）、香田清贞（胜野洋 饰）、野中四郎（萩原健一 饰）、河野寿（本木雅弘 饰）、中桥基明（うじきつよし 饰）、栗原安秀（佐野史郎 饰）、矶部浅一（竹中直人 饰）、村中孝次（隆大介 饰）等8人为首的陆军下级少壮派军官商议，定于2月26日发动名为“昭和维新”的军人武装政变。 是日凌晨，1500名全副武装的年轻军人冒着风雪冲进了政要的府邸……
无奈之下，他带走了一只留下的神奇宝贝——皮卡丘（由大谷幸雄配音）。皮卡丘，也被称为电老鼠，虽然外表可爱，但性格腼腆内向，与人类并不亲近。他经常在稍有不满的时候就放电鼠，暴躁的脾气让小智吃了不少苦头。Daiki博士把神奇宝贝地图和神奇宝贝球作为实用礼物送给了小智。在小智和皮卡丘面前，神奇宝贝的世界里有许多谜题和探索在等着他们。迎接他们的是光明还是黑暗？小智能如愿成为神奇宝贝大师吗？
Season2となる本作では、恋への葛藤や性に対するデリケートな悩みを抱えるヒロインたちの揺れる心情を描かれる。
