从那时起，五年过去了。亚马逊几乎被驱逐，世界正在走向和平。然而，感染亚马逊细胞的普通人的亚马逊化现象继续扩大，政府成立了一个新的4C组织，秘密驱逐亚马逊化的人类。其中，童年时被亚马逊抚养长大并变身为假面骑士的年轻人亚马逊·尼奥对抗亚马逊。
此时，时间胶囊预言的两个怪物“戈鲁卡”和“米卢巴”相继出现，GUTS团队根据预言寻找储存在金字塔中的三巨头的尸体。经过几次搜索，GUTS团队终于找到了金字塔，但两个怪物也来了。尽管GUTS正在猛烈守卫，但三尊巨型雕像中只有一尊被毁，成员·大悟的战斗机也被击中，逃生装置出现故障。就在关键时刻，大悟突然幻化为光，与最后一尊石像融为一体。光巨人“迪加”因此复活，并与两个怪物展开战斗
