故事发生在位于湾岸城镇的樱渊市，反田野良（朝井彩加 配音）是一名在那里生活的平凡少年。一天，在上学的途中，野良邂逅了一个名为帕特里西娅（高森奈津美 配音）的奇怪少女，她自称是来自冥界的女皇，而她降临人间的目的，竟然是消灭所有的地上生物，成为地上世界的主宰。 在误打误撞之中，野良竟然和帕特里西娅接吻了，让野良没有想到的是，自己竟然因此变成了一只猫。就这样，野良和帕特里西娅之间缔结下了契约，不久之后，帕特里西娅的妹妹尤菈夏（大桥步夕 配音）也追随着姐姐的步伐来到了人间。和两个想要毁灭世界的女孩生活在一起，野良的每一天都充满了惊险。
此版《源氏物语 千年之谜》由鹤桥康夫执导，不仅使用CG，还加入动作场面和科幻效果，制作费用高达十亿多日元(折合人民币7千8百多万)，于2011年12月10日在日本全国公映。
