为了防止犯罪团伙报复他，信义决定匿名并秘密追捕他们，希望能获得解药。有一天，新一的女友Maurilan来到阿里医生家，寻找她男朋友的下落。被小兰抓住的新一很快编造了自己的名字江户川柯南，然后柯南就和小兰在一起了。小兰的父亲森小五郎是一名私家侦探。新一可以利用他出去和他一起调查夜人的下落。柯南在小学时遇到了布美等小学生，他们一起组织了一支青年侦探队，向罪犯宣战！
然而，他们从未放松警惕，培养了一代又一代操作被称为“守护者”的人形武器的司机。一天，一个住在地下的年轻人Tanikaga Nagato（由Ryuta Toyasaka配音）因饥饿爬到地上，偷大米被抓。后来，他在队长（大原雅史配音）的指挥下成为了《卫报》第628集试播的练习生，在那里他遇到了一个善良的女孩，名叫Shozaki Akira（Shozaki Aya配音），她在Kagose Izana（Toyozaki Aisheng配音）和傲慢任性的Hatefu Akihito（Sakurai Kohiro配音）等友好的第三性个体之前见过他。不久后，年轻人外出执行采集任务，甚至遇到了百年未见的陌生人士。沉寂已久的宇宙战争又一次开始了。。。这部电影改编自二平棉的原创漫画。
童年的一个仲夏，一个叫棉花的女孩（由猫野爱一配音）在一次事故中去世。这起猝死事件深深地伤害了她童年时的五个玩伴——任泰、安明、雪姬、何简子和波波。由六个人组成的秘密基地“超级和平破坏者”解散了，五个活着的人在无法弥补的创伤中长大，并渐行渐远。
