故事的舞台设定在未来的日本，为了解决少子化的问题，政府禁止了自由恋爱，改为由政府全面接管的状态。每一个青少年长到16岁，便会由政府分配一名伴侣作为恋爱的对象，这是经过了精密的计算所匹配出的最佳人选。
その道中、一行は正体不明のポケモン「プニちゃん」を旅に連れていくのだが、「プニちゃん」は謎の集団・フレア団に狙われていた。 击败了第七道馆的道馆训练家葛吉花后，小智一行人继续以收集齐八枚徽章为目标向映雪市进发。在旅途中，他们遇到了正体不明的绿色生物“小软”（基格尔德·核心）及为其目标而行动的神秘团体“闪焰队”。
