《灼眼的夏娜》TV第二季的故事将从小说第八卷开始讲起，以NDS游戏《灼眼的夏娜DS》中的登场人物，红世之徒，戏睡乡“メア”入侵御崎市开始开篇。据监督渡部高志所说，故事会对第一季的一些伏笔作出解释，并加入不少这个时代的小故事。
一枝看起来像一棵春天盛开的樱花树，总觉得有些东西发生了变化。远远望着缓缓飘落的樱花，少年想起了即将到来的春天，生活在一个樱花不会枯萎的平凡世界里，有能力改变点心，在天空中看到别人的梦想，这既不平凡也不非凡。在雪花和樱花纷纷飘落的冬季大学里，当他遇到他们时，一个快乐而温暖的故事即将开始，一个小魔术师用他最后的魔法恳求帮助。
