虽然阿丽莎已经异形化，并且犯下了滔天的罪行，但欧菲依然相信自己能够找到让姐姐恢复原状的方法。 在旅途中，欧菲邂逅了开朗又活泼的大小姐克丽奥（大久保瑠美 配音），和非常崇拜欧菲，拜他为师的青年马吉克（小林裕介 配音），三人结伴而行，与此同时，欧菲的师父查尔德曼也集结了曾经的一群战友，决定正式启动讨伐阿丽莎的计划。
故事围绕着世界上最强的武器——无限Stratos展开，这种武器只能由女性使用。在一个女尊女卑的世界里，主人公“一山编织者”虽然是男性，但却能够操纵is。因此，他被迫进入培训is操作员的学校“is学院”。
