在一次事故中，一个名叫永仓浩（Hataka Nakayo配音）的男孩出乎意料地接住了巧聘全力扔下的球。两人的相遇使命运的齿轮开始转动。乔和郝都加入了新田东高中的棒球系，在那里他们遇到了许多志同道合的朋友——沉默寡言的队长Hayashi Ichiro（由梅原裕一郎配音）、温柔体贴的泽口武（由村濑武配音）、自信的吉信茂（由斋藤聪配音）和不苟言笑的永司展（由森间秀夫配音）。
遇到写作瓶颈的小说家甄明看到一个日本女孩在咖啡馆应聘。突然灵光一现，他决定为这个女孩创作三个不同的故事，邻桌的客人、收银员和店长都成了他笔下的人物。
革命历228年，E.U.联盟联军少校蕾拉·玛露卡尔（坂本真绫 配音）和中尉阿基德（入野自由 配音）在巴黎期间化险为夷，将企图绑架吉恩·史麦拉斯将军（石冢运升 配音）的11区日本少年成濑幸也（松冈祯丞 配音）、佐山流（日野聪 配音）和香坂彩乃（日笠阳子 配音）招募到W Zero部队。在另一边的帝国内，信·修加·夏音度（松风雅也 配音）成功篡位，被封为圣米迦勒骑士团的团长，即将迎来和阿基德的宿命重逢。E.U.联盟对成濑等人充满不信任感，时刻密切监视着他们。不久，联盟决意将W Zero部队空投至帝国的腹地华沙执行死亡任务。蕾拉坚持和阿基德以及新加入的三个战士同往，等待他们的是圣米迦勒骑士团的强敌……
