车谷空的体格矮小，在篮球方面绝对算不上有利。中学时代因为身高而没被选上首发队员的空，怀着对高中篮球部的期待，升入了通称九头高的九头龙高中。但那里的篮球部几乎处于机能停止状态。并不是能够打篮球的环境。
高中生小木健二是一个诚实内向的数学天才。一个夏天的一天，他被邀请到他姐姐夏Xi美丽的家乡野外工作。原来这份工作的内容实际上是一个伪装成夏Xi的男朋友。该家族的祖先是一个武士家族，他们与德川军团进行了激烈的斗争。
小学六年级的Naotai和一个高中女生在一起真的很漂亮。Naotai哥哥的女朋友正在国外留学，正在河边共度时光。这本应是普通日子的延续，但最终以传说中的蜜蜂女孩静子驾驶电车与智泰相撞而告终。Naoto的头上长出了奇怪的角！而景子竟然成为了直太家族的仆人，进入了直太家。静子的秘密和她经常背诵的“FLCL”的含义给直藤的生活带来了巨大的变化。
