2048年，经过中央政府管理的人工智能筛选，一部分人类登上星际迁徙飞船“阿拉姆”，前往11.9光年外的鲸鱼座τ星E的旅程。然而，人类花了20年时间到达的这颗行星与地球之间的环境差距远超预期，使其不适合人类生存。移民飞船上有一个叫庆雄的年轻人。4岁时，他目睹了自己的父母被哥斯拉杀死。20年来，他一直想回到地球，摧毁哥斯拉。移民的可能性已经消失，飞船内部的生活环境变得越来越恶劣。以Haruhiro为中心的“重返地球派”已经成为主流，他们决定通过危险的长途子空间航行重返地球。然而，经过2万年的进化，地球已经形成了以哥斯拉为顶点的生态系统，完全成为了一个未知的世界。人类最终能夺回地球吗？庆雄的命运会怎样？
一日，普通的女高中生元宫茜（川上友子 配音），以及好友森村天真（关智一 配音）和流山诗纹（宫田幸季 配音）三人被一枚红叶传送到了遥远的“京”。在那里，人们称茜为“白龙神子”，她能够使用自己体内寄存的龙神之力来保护京都免受恶灵的骚扰。
四处云游修行的绯牡丹阿龙（藤純子 饰），偶然在上州伊香保卷入一场博徒间的殴斗。阿龙出手干预，由此惹上了当地的黑帮久保田组。赌场内，阿龙和久保田组剑拔弩张，多得来自武州熊谷的结城组组长菊太郎（鶴田浩二 饰）挺身相助。
